تتمتع مناخل الزيوليت الجزيئية بتأثير فصل قوي على النيتروجين والأكسجين. لها بنية وخصائص البلورة، والسطح عبارة عن هيكل صلب، ويمكن أن تلعب التجاويف الداخلية دور امتصاص الجزيئات. توجد مسام متصلة ببعضها البعض بين التجاويف، وتمر الجزيئات عبر المسام. نظرًا للطبيعة النظيفة للمسام، فإن توزيع حجم مسام المنخل الجزيئي موحد للغاية. تمتص المنخل الجزيئي الجزيئات بشكل انتقائي بناءً على حجم المسام داخل بلوراتها، أي تمتص جزيئات ذات حجم معين بينما تطرد جزيئات المواد الأكبر حجمًا.